Se crede că Băile Herculane a fost fondat de romani în jurul anului 102 d.Hr. când, în drumul lor spre cucerirea provinciei Dacia, au construit un castru de apărare în zona Mehadiei de astăzi pentru a apăra culoarul Timiș-Cerna.
Descoperind apele termale de pe valea râului Cerna aceștia au construit terme și au început să le folosească pentru a-si vindeca suferințele.
Prima dată când orașul apare într-un izvor istoric scris este în 153 e.n. este pe o piatră votivă, care poate fi vazută și astăzi la punctul de vizitare a Parcului Național Domogled Valea Cernei. Pe această piatră votivă este scris în limba latină:
„ DIS ET NUMINIB ACVARU ULPIUS SECUNTINUS MARIUS VALENS POMPONIUS HAEMUS IULIUS CARUS VALERIUS VALENS LEGATI ROMAM AD CONSULATUM SEVERIANICLARISSIMI VIRI MISSI IN COLUMES REVERSI EX VOTO”,
care se traduce prin „Către zei și puterile sfinte ale apelor, Ulpius Secundinus, Marius Valens, Pomponius Haemus, Iulius Carus, Valerius Valens delegați și trimiși la Roma la consulatul lui Severianus Clarissimus Vir. Revenind în viață, așa cum am promis”.
Se știa că romanii foloseau apele termale, obicei pe care l-au învățat și adoptat de la vechii greci. Se credea că puterea de vindecare a apelor termale provine de la zei. Zeii cei mai venerati în zonă erau Hercule, Hygeia și Asclepius așa că cele mai multe dintre pietrele votive găsite în zonă le-au fost dedicate.
Așezarea se numea „AD AQUAS HERCULI SACRAS AD
MEDIAM” tradus ca „La apele sacre ale lui Hercule de la Mehadia”
În jurul anului 274 romanii au părăsit provincia Dacia.
Pentru aproximativ 1400 de ani după aceea nu există documente care să ne spună ce s-a întâmplat în stațiune, dar faptul că numele Hercule este păstrat în memoria publică după toată această perioadă este o dovadă în sine că apele au fost
cunoscute și folosite continuând legenda.
Începând cu anul 1718, după pacea de la Passarowitz, zona Banatului a fost preluată în administrare de către Imperiul Habsburgic în vremea Împăratului Karl VI-lea.
În 1736 generalul Andreas Hamilton este numit guvernator al Banatului și auzind de niște vestigii istorice romane descoperite în zona Mehadia, comandă niște lucrări arheologice și descoperă termele romane. Îl anunță pe împăratul Karl al VI-lea despre descoperiri și trimite câteva artefacte la Viena pentru
decora palatul imperial.
Prima vizită imperială la Băile Herculane este cea a împăratului Iosif al II-lea care a făcut 3 călătorii în zonă în 1768, 1770 și 1773.
Francisc I este al doilea împărat austriac care a vizitat orașul în 1817. În 1794, împăratul Francisc I dăduse deja ordinul pentru a reconstrui orașul, lucrari care au durat 9 ani. Când a venit la Băile Herculane în 1817, orașul era înfloritor, așa că a venit însoțit de soția sa, împărăteasa Karolina Augusta de Bavaria cu care se căsătorise cu 1 an mai devreme.
În 1852, în timpul vizitei sale la Herkulesbad, împăratul Franz Joseph menționa deja că „Acum, pe valea râului Cerna este cea mai frumoasă stațiune de pe continent”.
Acesta a continuat constructiile în stațiunea balneară și a adaugat multe clădiri noi și spații verzi în stațiunea pe care o considera deja atât de frumoasă. Toate clădirile din jurul Parcului Central, Podul de Piatră, Podul de Fontă și Băile Neptun datează din perioada lui Franz Joseph.
Responsabil de construcții a fost numit însuși arhitectul curții imperiale Wilhelm von Doderer, care până în 1875 a supervizat lucrările de la Băile Herculane.
Tot în timpul domniei împăratului Franz Joseph, Herkulesbad devine unul dintre locurile preferate ale soției sale, împărăteasa Elisabeta de Wittelsbach (Sisi). Ea a ajuns aici prima dată în 1884, dar a fost în timpul celei de-a doua vizite, în 1887, când a a petrecut 6 săptămâni în vila care îi poartă numele până astăzi. Ea a venit aici la recomandarea medicului ei suferind de reumatism și probleme pulmonare. Dovada că a iubit Băile Herculane și că vizita acesteia în stațiune i-a adus sănătate, este faptul că Sisi a revenit aici de încă 3 ori în 1890, 1892 și 1896.
În 1896 Băile Herculane a avut onoarea de a fi ales ca punct de întâlnire pentru 3 suverani ai vremii: împăratul Franz Joseph de
Habsburg, regele Carol I al României și regele Alexandru I al Serbiei. Aceștia s-au întâlnit aici pentru a sărbători inaugurarea canalului de navigație Porților de Fier din zona Cazanelor Dunării. Aceasta este cea mai importantă vizită care a avut loc vreodată în la Băile Herculane și în amintirea ei a fost montată o placă comemorativă a cărei replică poate fi vazută și astăzi la vreo 300 de metri după ieșirea de pe Aleea Romană către Valea Cernei.
După primul război mondial, începând cu 1919, odată cu prăbușirea Imperiului Habsburgic, Băile Herculane intră sub administrarea României.
Dezvoltarea stațiunii a continuat și în perioada interbelică, dar și după al doilea razboi mondial, în perioada 1965-1986, când au fost construite hoteluri mari moderne, creând un nou centru al orașului.
