Legenda spune că pe valea Cernei a fost dusă celebra luptă dintre Hercules și Hidra, iar când Hercules a reușit să prindă hidra din urmă și să-i taie primul cap, s-a simțit ostenit după o luptă dură. Această primă luptă s-a dat în Cheile Corcoaiei, pe Valea Cernei la aproximativ 36 de km de Băile Herculane.
O femeie foarte bătrână il vede obosit de luptă și îi spune că dacă face baie în apele termale de pe Valea Cernei de la 7 izvoare va avea suficientă putere să ducă luptă până la final. Cert este că după aceea, Hercules a reușit să învingă Hirda, tăindu-i cap după cap pană la victoria finală asupra să în Clisura Dunării în peștera Gaura cu Muscă.
În istorie se pare că oamenii au văzut caii intrând în apele termale și așa au aflat că apele sunt de o mare valoare pentru sănătate. În scrierile grecești și romane se spune că dacii foloseau apele și au descoperit niste băi de lemn cand au cucerit aceasta zona în anul 102 d.Hr. Romanii au demolat băile de lemn și au construit terme, întrucât erau deja avansati din acest punct de vedere, învățând de la greci cultul folosirii izvoarelor termale.
Primele analize ale izvoarelor termale sunt făcute la sfârșitul secolului al XVIII-lea de către Heinrich Johann Nepomuk von Crantz, fondator al balneologiei moderne. Rezultatele au fost publicate în cartea Änalises Thermarum Herculanorum Daciae Traiani” care a apărut la Viena în 1773.
Italianul Francesco Grisellini a continuat să analizeze izvoarele între 1774-1777, urmând metoda doctorului Crantz, dar făcând analizele pe loc, fără a transporta apa altundeva. La la începutul secolului al XIX-lea medicii stațiunii comunicau lunar temperatura apei pe parcursul anului, având în vedere factorii climatici care determinau schimbările de temperatură.
Împreună cu aceste teste crește numărul băilor care au fost folosite pentru tratament și, desigur, numărul vizitatorilor.
Prima carte în Română despre calitatea apelor termale apare la Budapesta în 1872 și a fost scrisă de dr. Alexandru Popoviciu si se numeste “Băile lui Ercule sau scaldele de la Meedia”.
După ce orașul intră sub administrația românească, în anul 1924 dr. Alexandru Crăciunescu își scrie studiul intitulat „Apele sulfuroase naturale termale” unde menţionează şi explică calitatea apelor.
Generalul Dr. Nicolae Vicol este cel care organizează și centralizează datele despre toate stațiunile din România cu izvoare termale si organizeaza la 1 mai 1922 primul congres de balneologie si mai tarziu înfiinteaza Inspectoratul General pentru Balneologie pe care o conduce pana în 1930. Dr. Vicol a studiat intens izvoarele termale din Băile Herculane și în 1934 a invitat aici specialiști din 3 tari: Cehia, Romania si Iugoslavia.
În 1946 există deja în oraș un consiliu medical, iar în 1949 este anul în care Institutul Național de Balneologie este a fondat şi preia studiul izvoarelor termale.
